Москве митрополитом Алексием. Первым игуменом обители стал ученик преподобного Сергия Радонежского – преподобный Андроник Московский.
16 августа 1357 года был освящен деревянный Спасский храм, выстроенный на территории Андроникова монастыря. В 1368 году деревянный собор сгорел и на его месте был выстроен новый, тоже деревянный, но с каменным полом.
В период с 1390-го по 1427 год Спасский собор вновь был перестроен и воздвигнут белокаменный однокупольный четырехстолпный трехапсидный храм, который сохранился по сей день.Именно этот храм расписывали Андрей Рублев и Даниил Черный.
В XVI – XVII веках монастырь становится одним из центров переписки книг.
Во время нашествия хана Девлет-Гирея в 1571 году монастырь подвергся нападению, в 1611 году обитель пострадала от нашествия поляков.
Во время московского пожара весны 1748 года пострадали библиотека и архив монастыря.
В 1812 году обитель была разорена французами.