1832 года в городе Елабуге Вятской губернии. Происходил из древней вятской фамилии Шишкиных, был сыном купца Ивана Васильевича Шишкина.
В двенадцать лет был определен в ученики 1-ой казанской гимназии, но, дойдя в ней до 5-го класса, оставил ее и поступил в Московское училище живописи, ваяния и зодчества. Окончив курс этого заведения, продолжал свое образование в Петербуржской Академии Художеств. Но не только в Академии он усердно рисовал, но и в свободное от учебы время выходил на природу, в окрестностях Петербурга и на острове Валааме он рисовал, рисовал и рисовал…. Поэтому, еще учась в академии, он был награжден двумя серебряными медалями.
Он всю жизнь рисовал красоты природы, поэтому И.И. Шишкина называют истинным “поэтом природы”. Лучшего определения ему трудно подыскать. Он действительно живет с нею одною жизнью, весь отдается ей, и она не имеет от своего истолкователя никаких тайн.